早期对经络(血管路线、针刺感传路线、腧穴远道主治规律、气功感传路线)和腧穴(针灸治疗特殊的部位)的认识，是古人解剖实践、医疗实践和养生修炼实践结合的产物，而从单纯的"线"和"点"的结合上升到经络、腧穴理论体系，则还结合了古人对世间万物的哲学思辨，在当时盛行的"阴阳五行"学说、"气一元论"、"天人相应"等文化思想的影响下，古人才创立了完整的经脉腧穴理论体系。

    现存的经络腧穴文献原以《内经》为最早，近代发现汉墓出土的古帛书和竹简中都记载有“十一脉”，为《脉书》的主要内容，这一名称与《史记·仓公列传》所说的仓公淳于意受其师阳庆传授“黄帝、扁鹊之《脉书》”之说相符合。《脉书》有属于黄帝，有属于扁鹊，可知有不同的本子。长沙马王堆汉墓出土的帛书就有几种文本：一种内容较简单按先“足三阳三阴脉”后"臂三阴三阳脉"排列，因称为"《足臂十一脉灸经》）；另一种内容较详，按先六阳脉后五阴脉次序排列，因称为"阴阳本"（《阴阳十一脉灸经》）。后者在帛书中有甲、乙两写本；又有江陵张家山汉墓出土的简书本。可见其传抄较多，影响更广。帛书的记载见《马王堆汉墓帛书》和《五十二病方》书中。

    战国初期的医学家秦越人(扁鹊)，曾刺“三阳五会(输)”救治虢太子尸厥；马王堆出土帛书《脉法》中的“阳上于环二寸而益为一久(灸)”；《五十二病方》中的“久足中指”，“久左”等，都是有关腧穴早期临床应用的文献记载。西汉初期，著名医家淳于意(仓公)用针灸给人治病，已经明确提到了什么病，当刺什么部位。这些部位仓公称之为“俞”(“论俞所居”)，或称“砭灸处”。　

《黄帝内经》

    《黄帝内经》的问世，标志着针灸从医疗实践上升到系统的理论时代。　

    《内经》包括现存的《灵枢》和《素问》。其写作时间当是《灵枢》在先，《素问》在后。关于经络的记载以《灵枢》为最详，如《经脉》、《经别》、《经筋》、《脉度》、《根结》等篇；《素问》则是在此基础上作进一步的阐发和讨论，如《脉解篇》、《皮部论》、《经络论》、《骨空论》、《调经论》、《太阴阳明论》、《阳明脉论》等。但《素问》所引古文献并不完全与现存的《灵枢》相同，如《脉解》所载经脉文字不同于《灵枢·经脉》，却接近于帛书记载，这当是古《脉书》的另一传本。凡名为"解"者自然是晚于原书的解释性著述。

    《内经》在早期经络文献《足臂十一脉灸经》、《阴阳十一脉灸经》的基础上，结合其他医学文献和医疗经验的总结，完善了十二经脉手足三阴三阳的命名及分类；全面论述了十二经脉与内在脏腑的属络关系，经脉不仅内连脏腑，外络肢节，而且阴经与阳经、脏与腑之间还构成了表里相合的互相联系。经脉的循行连接，脉行之逆顺，以及营卫气血在十二经脉的流注也从《内经》开始论述。营气行于脉中，自手太阴肺经始而终于足厥阴肝经，阴阳相贯，如环无端，周而复始。《内经》还补充完善了十二经脉等的病候和主治，并通过外感病邪由表入里、由皮毛到络、经、内脏的传变及其络脉变化，阐明了经络系统的防御功能、反应疾病和治疗疾病的功能。此外，《内经》讨论了十五络脉、十二经别、十二经筋、六经皮部 的分布及奇经八脉 的循行，阐述了十二经标本和根结在上下内外的对应关系，全面论述了经络"与天地同纪"，与自然界变化的密切关系等（参见第一章）。

    从腧穴理论看，《内经》记载了五输穴、原穴、俞募穴、下合穴、交会穴等的含义及其作用，记述了160余个腧穴的名称、部位或取法，对腧穴的功能特点已有比较完整的认识。《灵枢·九针十二原》对腧穴作了基本的定义：节之交，三百六十五会者，“神气之所游行出入也”，“络脉之渗灌诸节者也”。《内经》将腧穴比作“节”、“会”和“络”，指出腧穴是人体神气(人体最精华之气)聚集、留止、游行、出入之处，也是经络之气向周围渗灌之处。综合分析《内经》有关腧穴的多种名称（如空、孔、窍、骨空、穴、节、会、府、气府、原、络、俞、溪、谷等）字义，《内经》已较为完整准确地阐述了腧穴的主要功能特点，腧穴作为人体经脉与外界的通道，可以传导经气，转输脏腑气血精华，对周围组织起渗灌作用；而“五脏有疾，应出十二原”，“五脏有疾，当取之十二原”，又进一步说明腧穴可以作为疾病诊断重要的参考；腧穴能接受外来刺激，对人体起调节和治疗作用。     略晚于《黄帝内经》时代的医学著作还有《明堂孔穴针灸治要》，原有书有图，可惜这部专门论述经穴的著作早已散佚，但其主要内容保留在晋以后皇甫谧的《针灸甲乙经》中，书中其对腧穴的记述已较《内经》更为完整，充实了腧穴学的基本理论及腧穴的临床应用，与《内经》同样是针灸经穴理论的奠基作。

    《难经》原称《八十一难》，是对《内经》等古经提出各种问题进行解答。　

    《难经》有关经络的问题特注重寸口脉诊、原气、奇经八脉以及对“是动”“所生病”的解释，《难经》第一次完整论述了奇经八脉与十二经脉的区别，形象论述了奇经八脉调节气血、不参予十二经脉循环的功能特点，以及经别理论等等。十二经脉原文循行路线之后分“是动则病”和“是主某所生病”的叙述，在《难经》中释作“是动者，气也；所生病者，血也”，又说：“气流而不行者，为气先病也；血壅而不濡者，为血后病也”。用气血、先后解释经脉病候并不符合《内经》的原意，但对后来温病学派创用卫、气、营、血辨证却具有启发的意义。

    《难经》对腧穴理论的论述主要有原穴、八脉交会穴、俞募穴和五输配属五行等。《难经》明确提出了“原气”是“人之生命”，是“十二经之根本”，阐述了原气通过三焦通达五脏六腑、十二经脉，其经过和留止的部位即是“原穴”，并在《内经》基础上补充了心经原穴和六腑原穴，使十二原穴趋于完整。《难经》还提出了气血筋脉骨髓脏腑八会穴、“五脏募皆在阴，而俞皆在阳”，以及五输穴配属五行的理论，特别对临床应用有所阐发，成为子午流注学说的理论基础，在此基础上提出的“虚则补其母，实则泻其子”和“泻南补北”理论，不仅是针灸临床配穴大法，而且也是中医治疗各科疾病的原则之一。

    现存的经穴专著以魏晋时皇甫谧编集的《针灸甲乙经》（全称《黄帝三部针灸甲乙经》）为最早，是汇集《素问》、《九卷》、（又称《针经》，即今《灵枢》及《明堂孔穴针灸治要》三部书分类整理而成。　

    针对当时腧穴定位出现差异（如武威出土的东汉医简将足三里定于“膝下五寸”；吕广将太仓(中脘)定在“脐上三寸”等），书中对腧穴分布进行了整理，头面躯干以分区划线排列，四肢以分经排列，记载经络所属穴名共349名，其中有交会关系者84穴。诸穴穴名、别名、位置、取法、主治、配伍、何经脉气所发、何经所会、针刺深浅、留针时间、艾灸壮数、禁刺禁灸以及针灸意外等均有全面论述。《甲乙经》确立了针灸学完整的理论体系，奠定了针灸学成为一门独立的临床医学学科的基础。

    东汉末，张仲景“撰用《素问》、《九卷》、《八十一难》”等书著成《伤寒杂病论》（《伤寒论》），所称《九卷》，即后来所称的《灵枢》。说明《伤寒论》一书以六经辨证，是对《内经》、《难经》理论的继承和发展，也是对经络理论的灵活运用，为后人树立典范。