《教育发展研究》第11期“从变革能量看解决研究性学习核心争议点问题”（朱嘉颖、林智中）剖析了有关在研究性学习的组织实施层面的几个争议性问题：

争议一：研究性学习的定性问题。过往二十年的发展历程中，有关研究性学习的定义、核心理念、学习目标、组织形式课程形态与定位似乎一直在不断变化和发展。

争议二：研究性学习的存在形式问题。研究性学习究竟应该以独立形式存在于课程设置中，抑或是渗透以形式融合在学科教学中呢？在组织过程中，究竟应该如何把握建构学科知识与发展探究能力两者间的平衡？

争议三：研究性学习的参与性问题。研究性学习究竟是精英的学习，还是大众的学习？研究性学习究竟关注学生“研究什么”还是“怎么研究”？一些浅层次的研究学习过程中，学生同样会经历发现问题、思考问题、解决问题的过程，同样会学习如何搜集整理和分析资料，体现了自主参与的主体性和学习渠道、思考模式的开放性与生成性。在组织过程中，究竟如何判断学生所选研究课题的价值？

争议四：研究性学习的指导问题。研究性学习应该由谁来指导？如何指导？是教师主导还是专家主导？研究性学习是否要有专人来教？专人的定义是什么？是精通研究方法的学者？是知识渊博的学科专家？还是专管研究性学习的学科教师？不同的人会择取不同焦点，体现不同的价值取向。教师所扮演的角色是什么，更重要的是研究性学习内涵的价值取向是什么？